Die Übertragung von Signalen in einem FlexRay-Cluster erfolgt mittels FlexRay-Botschaft. Die FlexRay-Botschaft setzt sich stets aus Header, Payload und Trailer zusammen. Der Header umfasst fünf Statusbits, den ID, den Data Length Code (DLC) und den Cycle Counter. Die ID kennzeichnet die FlexRay-Botschaft, der DLC gibt die Anzahl der Words an, die mit der FlexRay-Botschaft übertragen werden. Insgesamt können 127 Words übertragen werden. Der Cycle Counter gibt den aktuellen Kommunikationszyklus wider. Die Header-CRC sichert den DLC, die ID und die letzten beiden Statusbits. Die einzelnen Bits des Statusfeldes spezifizieren die FlexRay-Botschaft genauer. 
Das Statusbit "Null Frame Indicator" zeigt an, ob der Payload gültig ist oder nicht. Das Statusbit "Sync Frame Indicator" zeigt an, ob es sich um eine FlexRay-Botschaft handelt, die zur Synchronisation herangezogen werden kann. Das Statusbit "Startup Frame Indicator" zeigt an, ob es sich um eine FlexRay-Botschaft handelt, die im Rahmen des Startups verwendet wird.
Schließlich wird im Statusfeld das Statusbit "Payload Preamble Indicator" übertragen. Die Bedeutung dieses Bits hängt davon ab, in welchem Segment innerhalb des Kommunikationszyklus der Frame übertragen wird. Wird der Frame im statischen Segment übertragen, dann zeigt ein gesetztes Bit an, dass zu Beginn des Payload Segments ein Network Management Vector übertragen wird. Wird der Frame im dynamischen Segment übertragen, dann zeigt ein gesetztes Bit an, dass zu Beginn des Payload Segments eine Message ID übertragen wird.
Die Übertragung einer FlexRay-Botschaft endet mit einem die CRC umfassenden Trailer. Die CRC sichert den Header und die Payload. Bei einer Payload bis zu 248 Nutzbytes garantiert die CRC eine Hammingdistanz von 6. Für eine größere Payload liegt die Hammingdistanz bei 4.

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