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Um mit dem Flash Bootloader neue Applikationssoftware auf ein Steuergerät zu laden, muss der Flash-Prozess mit einem Flash-Werkzeug gestartet werden. Für das Bussystem LIN kann die Programmierung entweder über ein CAN/LIN Gateway oder direkt über LIN erfolgen. 
Reprogrammierung über CAN/LIN Gateway:
Die Reprogrammierung über CAN hat den Vorteil, dass die gesamte bereits existierende Werkzeugkette für das Flashen über CAN auch für LIN eingesetzt werden kann. Für die Reprogrammierung eines LIN-Steuergeräts über CAN muss der LIN-Master mit der entsprechenden CAN/LIN Gateway-Funktionalität für das Routen der Flash-Informationen erweitert werden. Dies erfolgt typischerweise durch die Integration des Vector LIN Flash Application Layer -Softwaremoduls (LFAL) in die Bootloader Software des LIN-Masters.
Reprogrammierung direkt über LIN:
- Mit CANoe.LIN:
CANoe.LIN ist das universelle, PC-basierte Werkzeug für die Entwicklung von verteilten Echtzeitsteuergeräten, die auf LIN basieren. Es kann leicht mit einer Flash-Plug-In Library zu einem Flash-Werkzeug erweitert werden. Sie beinhaltet die NodeLayer-DLL für das LIN Transport-Protokoll, sowie ein CAPL-Programm, das über CAPL Diagnostic Services den OEM-spezifischen Flash-Ablauf realisiert. Die erforderlichen Dateien wie HIS-Gerätetreiber und Flash-Daten werden als HEX-Dateien eingelesen. Sie können bequem über entsprechende Schaltflächen eines CANoe Panels ausgewählt werden. - Mit dem LINflash Tool:
Das PC-basierte Werkzeug ermöglicht den Download der Daten über die LIN-Hardware. Alle benötigten Informationen wie Flash-Daten, Knotenadresse (NAD) oder HIS-Gerätetreiber können über eine XML-Datei konfiguriert oder direkt über die grafische Oberfläche selektiert werden.